La interrelación entre los dictámenes emitidos por las municipalidades, las pensiones de invalidez y la gestión de licencias médicas es un área compleja del derecho laboral y previsional en Chile. Este artículo detalla los criterios y procedimientos establecidos por diversas normativas y la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO) y otras autoridades, para clarificar la aplicación de estas disposiciones.

Introducción al Régimen de Invalidez y Licencias Médicas
La Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO) es una autoridad clave que ha sido solicitada para instruir a entidades como la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN) a informar el diagnóstico y período invocado en licencias médicas vigentes al momento de declarar la invalidez de un afiliado. La licencia médica se define como el derecho que tiene el profesional de la educación, y por extensión cualquier trabajador, de ausentarse o reducir su jornada laboral por un período determinado, con el fin de atender al restablecimiento de la salud, en cumplimiento de una prescripción profesional certificada por un médico cirujano, cirujano dentista o matrona, según corresponda, y autorizada por el competente Servicio de Salud o Institución de Salud Previsional (ISAPRE).
La regulación vigente exige que la licencia médica sea un instrumento temporal destinado al reposo necesario para recuperar la capacidad laboral. Así se desprende de la definición de licencia médica, contenida en el artículo 1 del D.S. N° 3, de 1984, del Ministerio de Salud. El artículo 6° de este decreto supremo exige que el reposo se certifique médicamente, enfatizando el rol terapéutico de la licencia.
Devengamiento de la Pensión de Invalidez
El artículo 31 del D.S. N° 57 de 1991, del Ministerio del Trabajo, establece como regla general que las pensiones de invalidez otorgadas conforme al D.L. N° 3.500 de 1980, se devengarán a contar de la fecha de declaración de invalidez, la cual corresponderá a la fecha de presentación de la respectiva solicitud de pensión.
No obstante, la norma establece varias excepciones:
- Para el trabajador acogido al subsidio por incapacidad laboral, las pensiones de invalidez se devengarán desde el día siguiente al de término de la última licencia médica vigente a la fecha en que quede ejecutoriado el respectivo dictamen.
- En el caso de trabajadores de la Administración Pública (Ministerios, Intendencias, Gobernaciones y Servicios Públicos centralizados y descentralizados), la fecha de devengamiento de la pensión de invalidez será a contar del día siguiente a aquel en que se dé término al beneficio contemplado en el artículo 152 del D.F.L. N° 1 de 2001, del Ministerio Secretaría General de la Presidencia.
- Esta fecha de devengamiento es aplicable también a los Funcionarios Judiciales, aunque se rigen por el Código Orgánico de Tribunales, el Estatuto Administrativo recibe aplicación supletoria en esta materia.
- Para trabajadores afectos al Código del Trabajo que a la fecha de la ejecutoria del dictamen de invalidez se encuentren con subsidios por incapacidad laboral, y la licencia médica haya sido extendida por las mismas patologías invalidantes, la pensión de invalidez se devengará desde el día siguiente al término de la licencia vigente a esa fecha. En estos casos, la Administradora de Fondos de Pensiones (AFP) es responsable de determinar la fecha de devengamiento y debe solicitar la copia de la licencia a la institución pagadora del subsidio.
La SUSESO ha instruido a la COMPIN para que cumpla lo solicitado por las AFPs, remitiendo directamente los antecedentes requeridos por dichas entidades.
Calificación de Invalidez y el Rol de las Comisiones Médicas
La declaración de invalidez, ya sea parcial o total, se rige por el D.L. N° 3.500 de 1980. Las Comisiones Médicas, a las que se refiere el artículo 11 del D.L. N° 3.500, son las entidades competentes para determinar la invalidez. Transcurridos tres años desde la fecha del primer dictamen de invalidez que originó el derecho a pensión, las Comisiones Médicas, a través de las Administradoras, deben citar al afiliado inválido para emitir un segundo dictamen que ratifique, modifique o deje sin efecto el derecho a pensión de invalidez.
Es importante señalar que la Superintendencia de Seguridad Social no tiene la facultad de conocer y revisar las resoluciones adoptadas por las Comisiones Médicas del D.L. N° 3.500 de 1980, ya que estas actúan dentro de su esfera de competencia legal.

Gestión de Licencias Médicas en Contexto de Invalidez
El derecho a licencia médica está establecido para incapacidades laborales temporales. Cuando una afección implica una incapacidad presumiblemente permanente, se activa un proceso diferente.
Autoridades Competentes y Causales de Rechazo
El organismo que deba pronunciarse sobre las licencias médicas tiene la atribución de hacerlo conforme a las facultades establecidas en el artículo 16 del D.S. N° 3 de 1984.
- Para trabajadores no afectos a una ISAPRE, y de acuerdo al artículo 18 del D.S. N° 3, la Unidad de Licencias Médicas resuelve cuando las licencias, aisladamente o en conjunto, no exceden de 30 días.
- Las Comisiones de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN) pueden rechazar una licencia médica de trabajadores no afiliados a una ISAPRE cuando consideran que esta se ha otorgado por una enfermedad irrecuperable, independientemente de que el trabajador sea imponente del Antiguo Sistema Previsional o del Nuevo Sistema de Pensiones (D.L. N° 3.500).
- En el caso de trabajadores con contrato de salud con una ISAPRE, sus licencias médicas deben ser presentadas a dicha entidad, que también tiene la atribución de pronunciarse.
El Compendio de Normas sobre Licencias Médicas distingue dos causales principales de rechazo: reposo injustificado y diagnóstico irrecuperable. Este último se aplica cuando "existe pérdida de la temporalidad de la licencia médica" o cuando su finalidad terapéutica se ha desvirtuado. La SUSESO refuerza que el sistema no puede financiar subsidios cuando la condición del trabajador ha alcanzado un estado irrecuperable.
Tratamiento de Licencias Médicas durante el Trámite de Invalidez
Una excepción fundamental a la regla de la temporalidad ocurre durante el proceso de calificación de invalidez. El Ministerio de Salud, mediante Circular 2 C/134 de 1985, instruyó a las COMPIN a autorizar licencias médicas con diagnósticos irrecuperables de afiliados al Nuevo Sistema de Pensiones, mientras tengan pendiente un trámite de calificación de invalidez ante las Comisiones del D.L. N° 3.500 de 1980.
Asimismo, el artículo 38 del D.S. N° 3 de 1984 dispone que las ISAPREs deberán continuar pronunciándose sobre licencias médicas de los trabajadores que se encuentren en estudio de calificación de invalidez. Esto significa que, mientras dure el primer trámite de calificación de invalidez y hasta que se emita y ejecutorie el dictamen definitivo, se deben continuar autorizando las licencias médicas del trabajador y pagando el subsidio correspondiente, siempre que se cumplan los requisitos legales habilitantes.
Para ello, la COMPIN o Subcomisión debe obtener del propio trabajador, o de la Superintendencia de Pensiones, el estado administrativo actualizado del trámite de invalidez, incluyendo si fue objeto de recursos o si está ejecutoriado.
Si un trabajador afiliado al D.L. N° 3.500 ha solicitado la declaración de invalidez y las Comisiones Médicas le han fijado un grado de incapacidad que no le da derecho a pensión, la entidad previsional de salud, para resolver sobre la procedencia de licencias médicas emitidas posteriormente a la resolución ejecutoriada, deberá seguir el procedimiento general establecido en su compendio de normas.
Situación de Funcionarios Públicos y Docentes Municipales
Remuneración vs. Subsidio por Incapacidad Laboral
Conforme al artículo 22º de la Ley Nº 18.469, el personal afecto al D.F.L. Nº 338, de 1960, tiene derecho, durante el goce de licencia médica, a la mantención del total de sus remuneraciones. Los empleados municipales, a contar de la vigencia de la Ley Nº 18.469, tienen derecho a gozar del subsidio por incapacidad laboral regulado por las normas del D.F.L. Nº 44, de 1978.
Sin embargo, la Superintendencia de Seguridad Social ha sostenido que los profesionales de la educación del sector municipal no se encuentran afectos a la normativa sobre subsidio por incapacidad laboral que regula el D.F.L. N° 44. Durante los períodos de licencia médica, tienen derecho al pago del total de la remuneración y no al subsidio. Esto se alinea con la Ley Nº 16.744, que contempla beneficios por siniestros laborales.
Alterar la situación para los funcionarios municipales respecto al subsidio por incapacidad laboral sería discriminatorio con respecto a los demás trabajadores afectos a la Ley Nº 16.744.
Terminación de Funciones por Salud Irrecuperable
Si se declara irrecuperable la salud de un funcionario, este deberá retirarse de la municipalidad dentro del plazo de seis meses, contados desde la fecha en que se le notifique la resolución que declare su irrecuperabilidad.
Para el personal docente de corporaciones municipales, no existe impedimento legal para aplicar alguna causal de término de funciones durante los períodos de goce de licencia médica, si las únicas causales que lo obstan están en el artículo 161 del Código del Trabajo, cuerpo normativo que no les es aplicable, sino la Ley 19.070. Durante tales períodos, tienen derecho al pago del total de la remuneración y no al subsidio por incapacidad laboral del D.F.L. Nº 44.
El personal paradocente no se encuentra afecto a la Ley 19.070 (Estatuto Docente), sino al Código del Trabajo y sus leyes complementarias, que contempla ciertas causales de terminación de contrato que podrían tener relación con las materias consultadas.
Si un docente con declaración de invalidez parcial transitoria, o del primer dictamen, no se ha acogido a la pensión correspondiente y se negare a trabajar, no se configuraría la causal legal respectiva para la terminación de su contrato.
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Rechazo Arbitrario de Licencias y Protección de Derechos
La jurisprudencia ha abordado casos donde se denunció la vulneración de derechos fundamentales por rechazo de licencias médicas sin fundamento técnico ni motivación adecuada. El máximo Tribunal ha revertido decisiones al determinar que las entidades recurridas actuaron de manera arbitraria al rechazar licencias médicas, sin ponderar que el trabajador se encontraba en trámite de su primera solicitud de pensión de invalidez.
La SUSESO ha emitido dictámenes que refuerzan el estándar legal para rechazar licencias médicas por "diagnóstico irrecuperable" y su vinculación con el trámite de invalidez. Esta línea interpretativa es crucial para evitar decisiones que desconozcan la situación del trabajador mientras su condición de salud está siendo evaluada para una invalidez permanente.
Modalidades y Pago de Pensiones por Invalidez
El monto de la pensión por invalidez puede corresponder a un 70% del retiro programado, sin afectación a ciertas comisiones. Durante el período transitorio, el afiliado no podrá optar por retirar excedentes de libre disposición. Si el saldo de la cuenta individual es insuficiente para financiar una pensión igual o superior a la Pensión Básica Solidaria, se pagarán las pensiones bajo la modalidad de Retiro Programado.
Si el afiliado se encontraba en régimen de pago preliminar, la Administradora deberá efectuar el primer pago de pensión definitiva en la próxima fecha de pago, según el monto del retiro programado informado en el Certificado de Ofertas. El pago de pensión bajo la modalidad de renta vitalicia será a contar del mes del traspaso de la Prima a la Compañía de Seguros.
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