El Control Judicial sobre el Rechazo de Licencias Médicas
Caso Emblemático: Rechazo Prolongado de Licencias sin Fundamento
Durante más de ocho meses, una trabajadora vio rechazadas sus licencias médicas pese a que contaba con certificados extendidos por sus médicos tratantes. Ante esta situación, interpuso un recurso de protección denunciando que tanto la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (Compin) como la Superintendencia de Seguridad Social (Suseso) desestimaron sus licencias sin evaluaciones médicas adicionales ni fundamentos técnicos claros, y sin cumplir lo ordenado previamente por la Corte de Apelaciones de Concepción.
En una resolución anterior, dicho tribunal había ordenado expresamente que se elaboraran informes médicos fundados, con evaluaciones psiquiátricas y neurológicas, para revisar la pertinencia del reposo prescrito. Sin embargo, según alegó la recurrente, esta instrucción fue ignorada y la negativa a pagar los subsidios se mantuvo sin que se practicaran nuevas pericias ni se convocara a la paciente a una revisión clínica. Esto, sostuvo, vulneraba derechos fundamentales como la protección de la salud, la igualdad ante la ley y la propiedad.
En un primer momento, la Corte de Apelaciones de Concepción rechazó este segundo recurso, considerando que las instituciones ya habían cumplido lo ordenado en la causa anterior y que no existía una nueva vulneración de garantías. Sin embargo, la Corte Suprema no compartió este análisis. En fallo de mayoría, la Tercera Sala del máximo tribunal -integrada por los ministros Adelita Ravanales, Jean Pierre Matus, Diego Simpertigue, Jessica González y el abogado integrante Carlos Urquieta- revocó la sentencia de la Corte de Concepción.
Según el fallo, las autoridades administrativas no adoptaron ninguna medida objetiva que justificara el rechazo de las licencias, como exámenes clínicos complementarios, visitas al domicilio de la paciente o la solicitud de informes detallados al médico tratante. La Corte fue clara al señalar que no basta con una simple evaluación administrativa para negar un subsidio por incapacidad laboral. «Se torna del todo arbitrario desestimar un permiso médico concedido por facultativos sin ningún motivo adicional […] sin un elemento de juicio complementario de contraste», sostiene el fallo.

Añadió que las instituciones actuaron sin considerar los principios de objetividad, exhaustividad y no discriminación, privando a la afiliada de un derecho fundamental sin sustento técnico alguno. Por todo lo anterior, el máximo tribunal ordenó a la Superintendencia disponer que el Compin emita un nuevo informe médico para evaluar correctamente la dolencia y los días de reposo indicados en la licencia médica, pronunciándose otra vez sobre su procedencia.
El ministro Diego Simpertigue estuvo por ir más allá: en su voto concurrente, estimó que también debió ordenarse el pago inmediato de las licencias rechazadas, pues la negativa se fundó únicamente en consideraciones discrecionales, sin evaluar directamente a la paciente. También señaló que se vulneró el principio de audiencia previa en actos administrativos desfavorables y que las costas debieron imponerse a la recurrida, por obligar a la trabajadora a iniciar un juicio para exigir una revisión que debió hacerse desde un principio en sede administrativa.
En disidencia, el ministro Matus y el abogado Urquieta estuvieron por confirmar el fallo de la Corte de Concepción, argumentando que no se acreditaron suficientemente las omisiones denunciadas y que existían otras vías para resolver el conflicto.
Rechazo de Licencias Médicas sin Fundamento Objetivo (Rol Nº 20663-2025)
La Corte Suprema, en fallo del 15 de octubre de 2025 (Rol Nº 20663-2025), acogió un recurso de protección interpuesto contra la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO), al concluir que el rechazo de varias licencias médicas carecía de fundamentos objetivos y vulneraba el artículo 19 N° 2 de la Constitución, que protege la igualdad ante la ley. El fallo -dictado por la Tercera Sala- revocó la sentencia de alzada y estableció que la decisión administrativa se dictó sin los antecedentes clínicos ni exámenes complementarios exigidos por el Decreto Supremo N° 3, que regula la autorización de licencias médicas por la COMPIN.
En su razonamiento, el máximo tribunal destacó que la COMPIN o la ISAPRE deben fundar toda decisión de rechazo, citando los artículos 16 y 21 del DS N° 3, los que facultan a requerir exámenes, interconsultas o informes médicos adicionales. La ausencia de esas diligencias, advirtió la Corte, vulnera los principios de objetividad y exhaustividad que rigen la administración pública. El voto de mayoría ordenó a la Superintendencia disponer una nueva evaluación médica y pronunciarse nuevamente sobre las licencias. El ministro Simpertigue, en prevención, habría ido más allá: se inclinó por ordenar directamente el pago de las licencias rechazadas, considerando que el diagnóstico médico original no fue controvertido ni verificado.
En un caso relacionado, una recurrente denunció la vulneración de sus derechos fundamentales al haberse rechazado tres licencias médicas sin fundamento técnico ni motivación adecuada. En sus informes, las recurridas indicaron que actuaron dentro del ámbito de sus competencias y que no existió arbitrariedad ni ilegalidad en su actuar. La decisión fue revertida por el máximo Tribunal en alzada, al determinar que las recurridas actuaron de manera arbitraria al rechazar las licencias médicas reclamadas, sin ponderar que la actora se encontraba en trámite de su primera solicitud de pensión de invalidez.
La Revisión de la Calificación de Invalidez: Arbitrariedad de la Comisión Médica Central
Rebaja Arbitraria del Porcentaje de Invalidez
La recurrente denunció la vulneración de sus derechos fundamentales al haberse rebajado arbitrariamente su grado de invalidez de un 81% a un 56%, sin fundamento técnico ni motivación adecuada. A su juicio, la actuación de los órganos recurridos desconoció lo resuelto por la misma Comisión Médica Central en febrero de 2024, cuando le reconoció una invalidez total y definitiva.
En su informe, las recurridas señalaron que actuaron dentro del ámbito de su competencia y facultades, y que la decisión se basó en que el tratamiento por salud mental de la recurrente era insuficiente y mejorable. Añadieron que la Comisión Médica Central, tras conocer del caso por el recurso de reposición interpuesto por las compañías de seguros, resolvió evaluar en conjunto las patologías de fibromialgia y trastorno de adaptación, del mismo modo en que lo había hecho previamente la Comisión Médica Regional, determinando un 56% de pérdida de capacidad laboral y declarando una invalidez parcial transitoria. En tal sentido indica que, «(…) el comportamiento de la Comisión Médica Central deviene en arbitrario, por carecer de la debida fundamentación y de racionalidad en los términos ya indicados.»

Fallos Adicionales de la Corte Suprema en Casos de Invalidez
La Corte Suprema calificó como «ilegales», «arbitrarias», «antojadizas» y «sin fundamento» al menos once resoluciones de la Comisión Médica Central en la que este organismo, desde 2020, negó pensiones de invalidez a personas con enfermedades graves o terminales.
Un caso documentado involucró a Araníbar Aillú, a quien la Comisión Médica Central (CMS) resolvió que tenía sólo un 7% de invalidez, pero sin ningún documento o prueba de respaldo. Ante ello, la justicia sostuvo que «el actuar de la recurrida Comisión Médica Central se torna arbitrario, ya que carece de la fundamentación necesaria para cumplir con el estándar mínimo de toda resolución que emana de un órgano administrativo». El porcentaje de invalidez de Araníbar establecido originalmente fue reconocido, lo que además tuvo consecuencias para su Isapre, Consalud, pues ésta no había pagado las licencias médicas que había presentado el afectado entre 2016 y 2020.
En tanto, el último fallo sobre esta materia fue dictado este jueves 14 de diciembre por la Corte de Apelaciones de Temuco en relación con la situación de invalidez de Carlos Cruz Oteiza, a quien la Comisión Médica Central le negó esa calificación pese a la evidencia documental disponible.
La Declaración de Vacancia por Salud Incompatible en el Sector Público
En septiembre de este año la Excelentísima Corte Suprema dictó dos interesantes sentencias en materia de derecho administrativo respecto de la declaración de vacancia por salud incompatible para el ejercicio del cargo. Las sentencias comentadas, Rol N° 3.056-2025 y Rol N° 54.059-2024, recaen en recursos de protección deducidos por funcionarios públicos a quienes se les cesó su empleo a través de la declaración de vacancia, por cuanto la Administración consideró que su salud era incompatible con el ejercicio de sus funciones.
La declaración de vacancia por salud incompatible con el cargo es una potestad de la autoridad administrativa que se encuentra contenida en el literal a) del artículo 150 y artículo 151 de la Ley N° 18.834, sobre Estatuto Administrativo y en el literal a) del artículo 147 y artículo 148 de la Ley N° 18.883, Estatuto Administrativo para Funcionarios Municipales. Dichas normas reconocen al jefe superior del servicio la posibilidad de disponer el cese de un empleo público y declarar su vacancia, cuando el funcionario hubiere hecho uso de licencias médicas por más de seis meses continuos o discontinuos en un período de dos años.

Para el ejercicio de dicha potestad, la ley contempla como antecedente que el funcionario se haya ausentado del servicio, justificando dicha ausencia con licencias médicas por un período superior a seis meses en el lapso de dos años. Sin perjuicio de ello, lo anterior no es por sí solo motivo o fundamento para la cesación en el empleo, si no que, como dijimos, es sólo un antecedente que la autoridad debe ponderar junto a otros elementos personales del funcionario y del servicio, debe señalar en su resolución los diversos elementos fácticos y normativos que sustentan su decisión y demostrar que dicha potestad fue ejercida con fines públicos a fin de evidenciar la racionalidad de esta.
Junto a lo anterior, es dable agregar que la Ley N° 21.050, estableció una obligación al jefe de servicio para el ejercicio de la potestad comentada: Debe requerir un pronunciamiento de la respectiva Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN) a fin de que evalúe e informe la condición de recuperabilidad de la salud del funcionario. En este sentido, la Corte resuelve que dicho informe no tiene un valor vinculante para el servicio, sino uno meramente ilustrativo, por lo que es su obligación justificar debidamente de qué forma la salud del funcionario se ha tornado incompatible con las tareas asignadas.
Charla "Estatuto Administrativo, Aspectos Generales"
De esta manera, para el ejercicio de la potestad discrecional por parte de la autoridad, se requiere necesariamente que el acto administrativo se encuentre debidamente fundamentado, a fin de dar cumplimiento al estándar de motivación exigido por el legislador en las disposiciones contenidas en los artículos 11 y 41 de la Ley N° 19.880 ya que, si bien la Administración goza de facultades discrecionales en su toma de decisiones, ello no implica que los actos administrativos puedan carecer de la debida fundamentación, ya que su ausencia da lugar a la arbitrariedad y, en consecuencia, a la ilegalidad del acto administrativo.
Desafíos Sistémicos y la Lucha por la Protección de la Salud y Seguridad Social
Prácticas Irregulares y Falta de Fundamentación
En los últimos 20 años sucesivas resoluciones administrativas y judiciales han demostrado que las personas con invalidez suelen enfrentar una serie de prácticas al menos irregulares que les impiden acceder a un beneficio que les corresponde por ley. En 2018, ante una Comisión Investigadora de la Cámara Baja, el entonces ministro del Trabajo, Nicolás Monckeberg, ya había señalado que resultaba «temerario» que las isapres rechazaran las licencias médicas cuando las personas iniciaban sus procesos de calificación de invalidez.
Acciones de la Sociedad Civil y la Intervención de Órganos de Control
Tras los sucesivos fallos de la Corte Suprema advirtiendo la existencia de actos ilegales, arbitrarios y antojadizos, la Fundación Valídame, representante de las personas afectadas, solicitó a la Superintendencia de Pensiones que adoptara medidas contra los facultativos que habían incurrido en esas faltas administrativas. La petición, sin embargo, fue rechazada por este organismo, el que argumentó que estos profesionales estaban contratados a honorarios y, por lo tanto, carecían de responsabilidad administrativa.
Ante esta negativa, la Fundación Valídame requirió la intervención de la Contraloría General de la República. Este órgano resolvió en noviembre que la superintendencia debía «ponderar si en las situaciones alegadas por el peticionario se configuran faltas a la probidad por parte de alguno de los integrantes de las respectivas Comisiones Médicas». El órgano contralor finalmente concedió un plazo de 20 días hábiles a la Superintendencia de Pensiones para resolver la situación.
Irregularidades Históricas en la Gestión de Pensiones de Invalidez por las AFP
Un primer caso documentado involucró a la AFP PlanVital. Entre 2004 y 2011, alrededor de 60 trabajadores -o sus familiares sobrevivientes- fueron informados por esta empresa de que carecían de aquel beneficio. Es decir, los ejecutivos y empleados de esta administradora de fondos de pensiones les aseguraron a estos afiliados que no podían jubilar con el beneficio de una pensión de invalidez, sino que debían conformarse con una pensión autofinanciada.
En ese mismo lapso, la AFP Provida negó también de manera irregular el derecho a una pensión de invalidez a otras 114 personas, con un perjuicio acumulado de casi $700 millones. Después de detectadas estas irregularidades una serie de modificaciones fueron introducidas respecto de los requerimientos que debían regir el proceso de calificación de una invalidez, aspecto clave para que los trabajadores puedan acceder a una pensión que incluya este beneficio.
En una reunión de inicios de 2012, la superintendenta Bernstein alertó sobre la necesidad de construir un acuerdo en la comisión, debido al riesgo que planteaban los casos que llegaban a tribunales: «Existe la posibilidad de que en esa instancia se desestime la norma y se disponga que todos los menoscabos deban sumarse». En ese marco, el 26 de enero de 2012 los miembros de la Comisión Técnica de Invalidez volvieron a reunirse. El facultativo, luego de recordar el rechazo de las aseguradoras, dijo que la idea era que las personas mantuvieran su derecho a jubilarse por invalidez, sumando diversas patologías, pero que esa suma nunca fuera superior a un 50% de menoscabo.
En 2018, una exempleada de Provida, Alejandra Vidal, denunció públicamente cómo las AFP seguían aplicando prácticas para controlar la siniestralidad. Tras esa denuncia, el 6 de noviembre de 2018 comenzó a funcionar una Comisión Investigadora en la Cámara de Diputadas y Diputados, presidida por la diputada frenteamplista Gael Yeomans.
«¿Por qué existían incentivos tan fuertes para que las AFP controlaran la siniestralidad?» Como referencia, los informes de la Organización Mundial de la Salud y el Banco Mundial indican que en torno a un 15% de la población mundial padece algún menoscabo físico o sicológico. De ellos, alrededor de un 4% presenta una condición severa de invalidez. En Chile, como admitieron en 2018 las autoridades y los expertos invitados ante el Parlamento, el sistema privado otorga cobertura a solo un 0,9% de las personas en esta condición, una de las cifras más bajas del mundo.
Principios Constitucionales y Administrativos: Fundamento de la Legalidad
Los fallos de la Corte Suprema, como el dictado el 15 de octubre de 2025 (Rol Nº 20663-2025), subrayan la importancia del Artículo 19 N° 2 de la Constitución, que protege la igualdad ante la ley, y el Decreto Supremo N° 3 (Artículos 16 y 21), que exige a la COMPIN o a la ISAPRE fundamentar toda decisión de rechazo de licencias médicas con antecedentes clínicos o exámenes complementarios.
La ausencia de esas diligencias vulnera los principios de objetividad y exhaustividad que rigen la administración pública. Complementariamente, la Contraloría General de la República, en su Dictamen N° 15.660, de 16 de marzo de 2012, señala que «los actos administrativos gozan de una presunción de legalidad, de imperio y exigibilidad frente a sus destinatarios, desde su entrada en vigencia, autorizando su ejecución de oficio por la autoridad administrativa, salvo que mediare una orden de suspensión dispuesta por la autoridad administrativa dentro del procedimiento impugnatorio o por el juez, conociendo por la vía jurisdiccional». Esto refuerza la necesidad de que cualquier acto administrativo, especialmente aquellos que afectan derechos fundamentales, esté sólidamente fundamentado para evitar la arbitrariedad y garantizar la legalidad.