La licencia médica representa un derecho fundamental para trabajadores dependientes o independientes, permitiéndoles ausentarse o reducir su jornada laboral por un periodo determinado, bajo indicación de un profesional de la salud (médico, dentista o matrona). Este documento tiene como objetivo primordial que el trabajador guarde reposo para recuperar su salud y reintegrarse a sus labores.

Regulación y Medidas de las Aseguradoras
El reglamento de licencias médicas establece las directrices para que las Aseguradoras (Isapre y Fonasa) gestionen adecuadamente las autorizaciones, rechazos o modificaciones de las licencias médicas. Entre las medidas reglamentarias, se destaca la facultad de solicitar al empleador informes o antecedentes complementarios de carácter administrativo, laboral o previsional del trabajador.
Causales de Devolución de Licencias Médicas por Isapre
Una Isapre puede devolver una licencia médica en las siguientes situaciones:
- Falta de la firma del profesional que extendió la licencia médica.
- Falta de la firma del trabajador.
- Existencia de enmendaduras en la licencia médica.
Facultades de Rechazo, Reducción o Ampliación del Reposo
Tanto la Isapre como la COMPIN están facultadas para rechazar, reducir o ampliar el periodo de reposo de una licencia médica. Algunas de las razones para ello incluyen:
- Pérdida de la temporalidad de la licencia médica.
- Enmendadura de la licencia.
- Incumplimiento del reposo.
En relación con la causal de rechazo por "Diagnóstico irrecuperable", es crucial considerar que no basta con que la patología sea crónica o irrecuperable para denegar la licencia. Se debe realizar un análisis individualizado de cada persona para determinar si al término del reposo estará en condiciones de reintegrarse al trabajo.

Visitas Domiciliarias
La Isapre puede realizar visitas domiciliarias al trabajador con licencia médica para verificar el cumplimiento del reposo. En caso de que la entrevista se realice con personas distintas al trabajador, las Isapres deberán exigir su identificación e informar sobre la responsabilidad de la información proporcionada.
Requisitos y Cálculo del Subsidio por Incapacidad Laboral
Para tener derecho a los subsidios, se requiere un mínimo de seis meses de afiliación a un régimen de seguridad social y de tres meses de cotizaciones dentro de los seis meses anteriores a la fecha inicial de la licencia médica correspondiente, según el artículo 4 del D.F.L. N° 44, de 1978, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social.
Una excepción aplica a trabajadores dependientes contratados diariamente por turnos o jornadas, quienes, además del período mínimo de afiliación de 6 meses, deberán contar con al menos un mes de cotizaciones dentro de los 6 meses anteriores a la fecha inicial de la respectiva licencia.
Para la determinación de la base de cálculo del subsidio, no se consideran remuneraciones ocasionales ni aquellas que correspondan a períodos superiores a un mes, como aguinaldos o bonos pagados en fechas específicas (fiestas patrias, navidad, bono de escolaridad).
Pago del Subsidio
Cuando la licencia es superior a 10 días, los subsidios se pagan desde el primer día. Si es igual o inferior a dicho plazo, se pagan desde el cuarto día. Por lo tanto, los tres primeros días de una licencia médica de 10 días o menos no dan derecho al subsidio, y el empleador no está obligado a pagarlos. Sin embargo, la entidad pagadora del subsidio debe efectuar cotizaciones por el período de carencia de esos tres primeros días.
Procedimiento de Trámite y Reembolso
Realización del Trámite
El trámite puede realizarse durante todo el año en sucursales del Instituto de Seguridad Laboral (para licencias emitidas en papel) o a través de la plataforma de los operadores de emisión de Licencia Médica Electrónica.

Documentación Requerida para Reembolso
Para solicitar el reembolso del subsidio por incapacidad laboral, se requiere la siguiente documentación:
- Denuncia Individual de Accidente del Trabajo (DIAT) o Denuncia de Enfermedad Profesional (DIEP) en original o copia fiel.
- Certificado original de afiliación a AFP y certificado de últimas 6 cotizaciones enteradas.
- Solicitud de reembolso de subsidio por incapacidad laboral.
- Certificado de cálculo de subsidio emitido por el empleador para acreditar las remuneraciones correspondientes a los tres meses anteriores a la fecha de inicio de la licencia médica en original.
Plazos de Pronunciamiento y Reembolso
La COMPIN tiene un plazo de siete días hábiles para pronunciarse sobre las licencias, contados desde la fecha de recepción del formulario. Este plazo puede extenderse por otros siete días hábiles si los antecedentes requieren un estudio especial.
El empleador, dentro del plazo de seis meses, contado desde la fecha de pago de la respectiva remuneración mensual, debe solicitar formalmente el reembolso de los subsidios por incapacidad laboral. Asimismo, dentro de los 6 meses, contados del término de la respectiva licencia médica, procede la solicitud formal de reembolso de los subsidios por incapacidad laboral, cuyas licencias médicas a la fecha de la solicitud, estén debidamente autorizadas por la COMPIN.
Las entidades pagadoras no deberán efectuar pago alguno por concepto de reembolso con anterioridad a la recepción de la solicitud de cobro respectiva (Circular 3752).
Liquidación de Reembolso
Los organismos administradores deberán disponer de una "Liquidación de reembolso", cuya copia debe ser entregada a la entidad empleadora del sector público, consignando la identificación del trabajador, el número de la licencia médica u orden de reposo, su fecha de emisión, el número de días de reposo pagados y el detalle de las cotizaciones pagadas.
Reembolso a Municipalidades y Corporaciones Municipales
La Circular 3797, en su punto II, N° 2, regula el reembolso a Municipalidades, Corporaciones Municipales y Empleadores en Convenio. Esta circular ha mantenido vigentes los ajustes efectuados conforme a los porcentajes señalados en la Circular 3732 hasta el 31 de diciembre de 2023.
Empleadores del Sector Privado con Convenio
Los empleadores del sector privado que han suscrito un Convenio, conforme al artículo 19 del D.F.L. N° 44, de 1978, pagarán directamente el subsidio por incapacidad laboral a sus trabajadores, reembolsando el monto ante la entidad pagadora del subsidio pertinente, según los términos del Convenio.
Reembolso de Subsidios por Incapacidad Laboral de Funcionarios FONASA
La Contraloría General de la República ha reiterado que las solicitudes de reembolso de subsidios de incapacidad laboral de licencias médicas de funcionarios de la administración del estado, adscritos a FONASA, deben dirigirse a la Secretaría Regional Ministerial de Salud respectiva, con copia a la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez que dependa de esta, o a la Subcomisión, según corresponda. La Superintendencia de Seguridad Social carece de facultades en esta materia (Dictámenes N°s. E186782, 32.238, 33.267, 1937-2022 y 2695-2020).
¿Cómo funciona el pago de licencias médicas en Chile?
Pagos y Reajustes
Entidades Pagadoras
Las Cajas de Compensación de Asignación Familiar (CCAF) pagan los subsidios por incapacidad laboral de origen común y los subsidios por descanso prenatal y postnatal de los trabajadores afectos a FONASA, cuyo empleador esté afiliado a la CCAF correspondiente. Para ello, la CCAF percibe una parte del porcentaje de la cotización de salud de las remuneraciones imponibles de estos trabajadores.
Formas de Pago de Reembolsos
Los reembolsos pueden realizarse a través de:
- Abonos o depósitos electrónicos en las cuentas corrientes de las entidades, efectuados directamente por la CCAF.
- Convenios de pago masivo que las CCAF puedan contratar con instituciones bancarias, ajustándose a las normas de la Comisión para el Mercado Financiero.
Para transferencias electrónicas, la entidad empleadora debe haber otorgado una autorización firmada por su representante legal, con el número de cuenta corriente, nombre del banco y dirección de correo electrónico para la notificación del depósito. Estas autorizaciones pueden ser permanentes.
Reajustes e Intereses
Las cantidades no pagadas oportunamente se reajustarán en el mismo porcentaje en que haya variado el IPC entre el mes anterior al que debió efectuarse el pago y el precedente a aquel en que efectivamente se puso a disposición de la entidad. Además, devengarán el interés corriente para operaciones reajustables, conforme a la Ley N°18.010. Este interés se aplica sumando las tasas diarias entre la fecha en que debió haberse pagado el reembolso de cada licencia y la fecha en que la CCAF realizó el pago.
Apelación de Licencias Médicas
El cotizante de Isapre, ante un rechazo y/o reducción de una licencia médica, debe presentar su reclamo por escrito directamente a la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN) correspondiente al domicilio registrado en su contrato de salud.
Si una licencia médica ha sido rechazada invocando el artículo 77 bis, la entidad empleadora del sector público deberá solicitar el reembolso al organismo que, por aplicación de dicho artículo, debe otorgar las prestaciones económicas. Esto no limita el derecho de este último a solicitar al primer interviniente el reembolso de lo pagado si la Superintendencia acoge el reclamo.
Proceso de Apelación ante la SUSESO
Para apelar a la SUSESO, el trabajador debe:
- Ingresar al sitio web de la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO) con su ClaveÚnica.
- Seguir los pasos indicados, revisar el resumen de su apelación, aceptar las condiciones de ingreso y, si lo desea, recibir la notificación por correo electrónico.
- Presionar "Siguiente".
El sistema proporcionará un folio o número de ingreso, el cual debe guardarse para hacer seguimiento al caso. En un plazo aproximado de 30 días, se puede consultar el estado del trámite. Si el dictamen es favorable, la SUSESO notificará al organismo administrador del beneficio, con el cual el trabajador deberá ponerse en contacto.