La segunda fase de Naruto trae una dinámica completamente nueva al anime: adolescentes. Los personajes que hemos seguido desde el examen de Chunin son mayores y más poderosos. Es en Naruto Shippuden donde vemos a los ninjas alcanzar su máximo potencial y enfrentar desafíos que han puesto en peligro a todo el mundo shinobi.

El Retorno de Naruto y los Primeros Desafíos
Primera Temporada (2007)
El comienzo de Naruto Shippuden marca el regreso de Naruto a Konoha. En esta temporada, Gaara se convierte en Kage de la Aldea de la Arena y es secuestrado por los Akatsuki. Naruto y el Equipo 7, ahora integrados por Sai, tienen la misión de rescatar al shinobi.
Muertes principales:
- Gaara (que revive)
- Sasori
- Chiyo
Segunda Temporada (2007-2008)
El Equipo 7 tiene la tarea de perseguir a Sasuke, que se encuentra en la guarida de Orochimaru. Naruto termina en un duelo con su viejo amigo y descubre que este es mucho más poderoso. Sai revela que tenía órdenes de tratar de matar a Sasuke, pero renuncia a la idea cuando ve la amistad de Naruto con el miembro del clan Uchiha.
A pesar de las diversas peleas, ningún personaje principal termina siendo asesinado esta temporada.
Tercera Temporada (2008)
Este nuevo arco de anime es, en su mayor parte, relleno, es decir, no se encuentra en la historia original del manga y se produjo exclusivamente para animación. Estos eventos no interfieren con la trama principal de la serie.
Naruto pasa gran parte de la temporada entrenando después de darse cuenta de que su amigo y rival Sasuke es más fuerte. Pasa la temporada desarrollando sus propias técnicas, siguiendo la sugerencia de Kakashi. La temporada termina cuando el ninja de Konoha se encuentra con Hidan y Kakuzu, dos miembros de Akatsuki. Los shinobi se preparan para enfrentarlos.
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Enfrentamientos Cruciales y Grandes Pérdidas
Cuarta Temporada (2008-2009)
Marcada por las batallas contra el dúo Akatsuki, la cuarta temporada comienza con la muerte de Asuma a manos de Hidan y Kakuzu. Los ninjas de Konoha se enfrentan a Hidan y Kakuzu, que son extremadamente poderosos. Durante la feroz confrontación, Naruto logra usar su nueva técnica: Liberación del viento: Rasenshuriken.
Mientras Kabuto busca un remedio para su maestro, Sasuke lo ataca y lo mata, absorbiendo todo el conocimiento de su antiguo captor. Luego, Sasuke reúne un equipo para buscar a Itachi, a quien intenta matar usando los poderes recién adquiridos. Antes de morir, el hermano mayor le da a Sasuke el Mangekyo. Madara le revela a Sasuke que Itachi asesinó a su familia a instancias de los concejales de la aldea.
Entonces, el foco de la temporada se traslada a Jiraiya. El Sannin le dice a Tsunade que irá a la Aldea de la Lluvia para recopilar información sobre los Akatsuki. Sin embargo, tan pronto como llega a la aldea, Jiraiya es detectado por Pain. El Sannin pierde la pelea, pero antes de morir, Jiraiya envía un mensaje secreto a Konoha, informándole de los planes de Pain. La temporada termina con Sasuke, quien, junto con su equipo, lucha contra Killer Bee para tratar de capturar al Jinchuuriki de ocho colas.
Muertes principales:
- Itachi
- Jiraiya
Séptima Temporada (2010) - El Arco de Pain
Naruto y Shikamaru revelan el significado de la carta enviada por Jiraiya: decía "El original no es ninguno de los 6". Posteriormente, Naruto deja Konoha para entrenar el Senjutsu. Mientras entrena, Pain se encuentra con Konan y Tobi y anuncia que invadirá Konoha.
El líder Akatsuki ataca usando sus Seis Senderos, lo que dificulta la defensa de la aldea y deja muchas víctimas. Los invasores buscan a Naruto en un intento de capturar su Jinchuuriki. Los ninjas resisten, dividiéndose en equipos para tratar de detener a Pain.
En medio de la confrontación, Tsunade finalmente se da cuenta del significado del mensaje de Jiraiya y descubre la clave para detener a Pain. La verdadera identidad de Pain era Nagato, que estaba lejos controlando los seis cuerpos con su chakra. Naruto finalmente comienza a luchar contra Pain.
Durante el enfrentamiento, Hinata salva la vida de Naruto y revela su amor por el ninja, que termina liberando las 8 colas de su Jinchuuriki. El espíritu de su padre, Minato, aparece y vuelve a sellar al demonio en Naruto, quien recupera la conciencia y logra derrotar a Pain.
Naruto encuentra a Nagato, quien revela su pasado al joven y le cuenta sus verdaderas intenciones. Nagato termina sacrificándose para recuperar la vida de todos los aldeanos asesinados o heridos en su ataque a Konoha. Naruto regresa a la aldea como un héroe, pero se sorprende al saber que Tsunade está en coma y que Danzou será el nuevo Hokage.
Muertes principales:
- Kakashi (que resucita)
- Residentes de Konoha (resucitados por Nagato)
- Nagato

El Comienzo de la Gran Guerra Ninja
Octava Temporada (2010-2011)
Con Tsunade en coma y Danzou en el puesto de Hokage, se lleva a cabo una gran reunión de Kages para formular una estrategia para tratar con Akatsuki. A medida que avanza la organización, los líderes de los pueblos llegan a un acuerdo y se unen. Comienza la 4ta. Guerra Mundial Shinobi.
Ninguno de los personajes principales muere esta temporada.
Novena Temporada (2011)
Sasuke y Danzou se enfrentan, con el miembro del clan Uchiha matando al nuevo Hokage de Konoha. En su lugar, Kakashi es elegido para dirigir la Villa durante la Guerra Mundial. Kakashi, Naruto y Sakura se encuentran con Sasuke y se produce una batalla. Cuando Kakashi está a punto de ser nombrado, Tsunade se despierta del coma. Después, Naruto pasa tiempo con Killer Bee, entendiendo mejor su Kyuubi y aprendiendo a usar su chakra. El ninja necesita luchar contra su demonio interno y, en el proceso, termina volviendo a ver a su padre y a su madre. Mientras tanto, los shinobi continúan preparándose para la guerra con Akatsuki, que ha revivido a muchos de sus miembros.
Muertes principales:
- Konan
Decimoprimera Temporada (2012)
La Cuarta Guerra Mundial Shinobi finalmente comienza. Kabuto prueba sus cadáveres resucitados en el campo de batalla. Los ninjas aliados se dividen en batallones, intentando a toda costa proteger a los Jinchuurikis de los oponentes y sus Zetsus. Naruto quiere involucrarse en el combate, aunque se recomienda que se mantenga alejado para no arriesgarse a perder su Kyuubi.
Muertes principales:
- Muta Aburame
Decimosegunda Temporada (2012-2013)
La 4ta Guerra Mundial Ninja se intensifica. Naruto y Killer Bee finalmente se unen a sus amigos en el campo de batalla. Naruto extiende sus clones por el campo de batalla, logrando enfrentar a los ejércitos de Zetsus. Kabuto revela su gran arma secreta: Madara Uchiha. También se revelan detalles del pasado de Gaara.
Esta temporada, no hay muertes de los personajes principales.
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La Revelación de los Villanos y la Batalla Final
Decimotercera Temporada (2013)
Con Madara Uchiha convocado en el campo de batalla, la guerra adquiere otra proporción. El miembro del clan Uchiha invoca un meteorito sobre el campo de batalla. Además, las fuerzas aliadas Shinobi también deben tratar con Tobi, el enigmático enemigo enmascarado.
Ningún personaje principal muere esta temporada.
Decimocuarta Temporada (2013-2014)
Tobi revela su verdadera identidad: él es Obito Uchiha, el antiguo compañero de Kakashi. Madara y Obito se enfrentan al Shinobi aliado. El pasado de Obito se revela y lo que lo llevó a volverse amargado y lleno de odio. El plan de Obito para dar vida a las Diez Colas está en progreso.
Al final de la temporada, Obito se lesiona y regresa al escondite de Madara.
Ninguno de los personajes principales muere esta temporada.
Décima Quinta Temporada (2014)
Con el poder de los Diez Colas, Madara y Obito atacan a Naruto y sus amigos. Neji da su vida para proteger a Naruto y Hinata. Sasuke descubre más información sobre el pasado de su familia y decide unirse a los Aliados para evitar que Madara y Obito avancen. El Equipo 7 se encuentra de nuevo.
Personajes principales asesinados:
- Neji Hyuuga
Décima Sexta Temporada (2014-2015)
Naruto comparte su chakra con sus aliados, mientras que Obito en forma de Juubito da lugar al Árbol Legendario. Para tratar de detener a Juubito, los ninjas ponen al villano en una ilusión, capaz de hacer que Obito vea la belleza del mundo. Obito luego intenta usar un jutsu para resucitar a todos los shinobi, pero su cuerpo es tomado por el Black Zetsu, que tiene la intención de reforzar a Madara.
La temporada termina con Naruto y Sasuke gravemente heridos y Madara aún más poderoso.
Ningún personaje principal muere esta temporada.
Decimoséptima Temporada (2015)
Esta temporada, el origen del chakra se revela a través de Hagoromo Otsutsuki. Madara sigue siendo inmejorable. Guy está listo para luchar contra el villano, usando toda su energía a cambio de su vida. Incluso en todo su potencial, él no puede detener a Madara, pero su vida es salvada por Naruto.
Ningún personaje principal muere esta temporada.

Decimoctava Temporada (2015-2016)
Toda la temporada está compuesta de rellenos, con la excepción del último episodio. Madara intenta capturar al Equipo 7 dentro del mundo de sueños que creó. Es entonces cuando el Zetsu Negro lo apuñala y revela que lo hizo para resucitar a su madre, Kaguya Otsutsuki. Las personas atrapadas en el mundo de Madara estaban destinadas a convertirse en el Zetsu Blanco. Madara tiene todo su cuerpo poseído y, en su lugar, aparece Kaguya.
Ningún personaje principal muere esta temporada.
Decimonovena Temporada (2016)
Kaguya transporta al Equipo 7 a otra dimensión, donde comienza a atacar a Naruto, Sasuke, Sakura y Kakashi. Naruto logra engañar a Kaguya y ponerse en contacto con Obito, quien se une a los ninjas en un intento de detener a Kaguya. Obito da su vida para tratar de detener al villano.
Con la ayuda de Kakashi, Naruto y Sasuke logran sellar a Kaguya y así evitar la carta de triunfo de la entidad.
Personajes principales asesinados:
- Obito Uchiha
Vigésima Temporada (2016-2017)
La última temporada funciona como una especie de prólogo del anime y una precuela de Boruto.