El Pago de Licencias Médicas Durante el Trámite de Invalidez

La situación de un trabajador que, tras un período prolongado de licencias médicas, se enfrenta al rechazo de estas por ser calificado su diagnóstico como "irrecuperable", mientras se tramita una pensión de invalidez, es lamentablemente común y angustiante. Este escenario plantea desafíos significativos para la continuidad de ingresos y la protección social del afiliado.

La jurisprudencia reciente y la normativa vigente ofrecen un marco de protección para asegurar que los trabajadores no queden desprotegidos financieramente durante este proceso crítico.

Conceptos Fundamentales sobre la Incapacidad Laboral

¿Qué es el Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL)?

El Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL) es un beneficio fundamental diseñado para reemplazar la remuneración o renta que el trabajador deja de percibir cuando se ausenta o reduce su jornada de trabajo. Esta ausencia puede ser causada por enfermedad o accidente de origen común, de origen maternal o de origen profesional. Además, el SIL genera una continuidad en el pago de sus cotizaciones previsionales.

El monto de este subsidio se calcula según la cantidad de días por la que fue autorizada la licencia médica y a partir de las cotizaciones que el beneficiario aporta. Para ello, no puede sobrepasar el Tope Imponible Anual.

Requisitos y Proceso para el Derecho a una Licencia Médica y el SIL

Para tener derecho al pago del SIL, el trabajador debe cumplir con ciertas reglas establecidas en la normativa, lo cual depende de su contrato laboral (trabajador dependiente, independiente, o por días, turnos o jornadas), la duración y tipo de la licencia médica, y la densidad de cotizaciones, entre otras. Es fundamental estar al día en el pago de las cotizaciones.

Pasos para la obtención y tramitación del SIL:

1. En primer lugar, el beneficiario (paciente) debe contar con una licencia médica. Esta es entregada por un médico tratante, una matrona o un cirujano dentista, a partir de una evaluación de salud efectuada en el contexto de una consulta médica.
2. Es crucial que el profesional tratante extienda una licencia médica que debe materializarse en el Formulario Único, ya sea en papel o en formato electrónico (D.S. N° 3 y D.S. N° 4).
3. Luego, los organismos pagadores del SIL, sean las COMPIN o las CCAF, según el caso, revisan si el trabajador cumple con las reglas normativas para el derecho al pago. En base a ello, se hace el cálculo del subsidio correspondiente.
4. Los tiempos involucrados en este proceso dependen únicamente de la gestión del organismo pagador del SIL.

Documentación Adicional y Modalidades

La documentación que debe presentar el empleador junto a una licencia médica depende de la calidad del trabajador y del tipo de licencia. Por ejemplo, para trabajadores a honorarios, se requieren fotocopias de boletas de honorarios de los 6 últimos meses anteriores al inicio de la licencia médica.

• En el caso de licencias médicas electrónicas, el trámite sigue un curso digital y generalmente no requiere mayor intervención del trabajador una vez emitida.
• Si el prestador le emite una licencia y su empleador no está adscrito al sistema electrónico, el prestador le entrega un comprobante de emisión en el que se le indica informar a su empleador para que este la rescate y tramite en el sitio del Operador, IMED o Medipass, donde le emitieron la licencia.
• Las licencias médicas se presentan por cada empleador donde se desempeñen funciones. Por lo tanto, un trabajador con múltiples empleadores o con trabajo dependiente e independiente necesita tantas licencias como empleadores tenga.

Consideraciones sobre el Pago del Subsidio

• Los Subsidios por Incapacidad Laboral durarán hasta el término de la correspondiente licencia médica, aun cuando haya terminado el contrato de trabajo.
• Cuando una licencia se autoriza pero indica “Sin derecho a subsidio”, significa que el reposo médico indicado está justificado ante el empleador, pero la documentación entregada no cumple con los requisitos legales para percibir un subsidio. Esa licencia no tendrá derecho al subsidio y tampoco a las cotizaciones.
• Las personas pensionadas pueden tener una licencia médica siempre que estén trabajando y tengan un contrato laboral.
• Si un trabajador cuenta con un RUT provisorio y tiene un contrato de trabajo en las modalidades ya señaladas, tiene derecho a licencias médicas.
• Un empleador no tiene facultades para rechazar o no recibir una licencia médica presentada por su trabajador.

Cálculo y Ajustes del Subsidio por Incapacidad Laboral

Por cada mes, el subsidio neto se calcula en base a 30 días, es decir, la renta imponible (con el tope legal vigente), descontando las cotizaciones legales (AFP y Salud) e impuestos. El límite para el pago de subsidio está dispuesto en base al tope legal imponible que cambia anualmente.

Tratándose de trabajadores independientes afiliados al Sistema de Pensiones Decreto Ley 3.500 de 1980, en el cálculo de los subsidios no podrán considerarse rentas mensuales que tengan una diferencia entre sí, superiores al 25%. En el evento de existir esa diferencia, el monto imponible menor se ajustará al 25% para calcular el máximo valor imponible.

Plazos y Carencias

• El derecho a impetrar el subsidio por incapacidad prescribe en seis meses desde el término de la respectiva licencia. Este plazo de prescripción de seis meses está referido tanto a la solicitud del beneficio como a su cobro efectivo, de tal manera que, dentro de dicho plazo, contado desde el término de la correspondiente licencia médica, deberá haberse solicitado y cobrado el subsidio a que aquella ha dado derecho.
• Existe una carencia de 3 días cuando la licencia es otorgada por un período igual o menor a 10 días, lo que significa que el subsidio no se cancela por estos días de reposo autorizados. Sin embargo, las cotizaciones previsionales se pagan por el total de días y no tiene carencia.

Cambios de Asegurador y Licencias

• Si el cotizante se cambia de Isapre a Fonasa, el pago del subsidio de una Licencia Médica le corresponde durante el primer mes al Asegurador anterior (Isapre) esto rige durante el mes en que la ISAPRE mantiene sus beneficios.
• De igual forma, si el cotizante se cambia de Fonasa a Isapre, el pago del subsidio de una Licencia Médica le corresponde durante el primer mes al Asegurador anterior (Fonasa), esto rige solo durante el mes en que Fonasa mantiene sus beneficios.

Licencias por Accidente del Trabajo o Enfermedad Profesional

Cuando la licencia médica se relaciona con un accidente de trabajo (tipo 5) o una enfermedad profesional (tipo 6), el pago y la tramitación deben realizarse a través del Seguro Social contra Riesgos de Accidentes del Trabajo y Enfermedades Profesionales (Ley 16.744). En estos casos, se debe acudir directamente a los organismos administradores de esta ley, según la adherencia del empleador (Instituto de Seguridad Laboral (ISL), Asociación Chilena de Seguridad (ACHS), Mutual de Seguridad C.Ch.C. e Instituto de Seguridad del Trabajo (IST)). Para sospechar que un problema de salud tiene relación a un accidente o enfermedad profesional, se debe informar al empleador y acudir a los mismos organismos administradores.

Aspectos Legales Clave: El Pago de Licencias Durante el Trámite de Invalidez

Una situación recurrente es el rechazo del pago de licencias médicas por parte de la COMPIN cuando un diagnóstico es calificado como «irrecuperable», instando al trabajador a iniciar el trámite de pensión de invalidez. Frente a esto, la Corte Suprema ha sentado un precedente crucial.

El Rechazo Arbitrario por Irrecuperabilidad y la Protección Constitucional

En un fallo del 29 de septiembre de 2025 (Rol N° 5.675-2025), la Corte Suprema ha establecido que el rechazo de licencias médicas fundado únicamente en la «irrecuperabilidad» del diagnóstico, mientras se tramita la primera solicitud de invalidez, constituye un acto arbitrario que vulnera garantías constitucionales.

El argumento central de la Corte es la vulneración del derecho de propiedad, consagrado en el artículo 19 N° 24 de la Constitución. La inobservancia de la situación fáctica específica del afiliado por parte de la autoridad configura esta arbitrariedad.

La Corte ha ordenado que se debe seguir pagando la licencia médica hasta que el dictamen de la primera resolución de invalidez se encuentre firme.

El Diseño Legal de Continuidad de Ingresos (D.S. N° 57)

El Decreto Supremo N° 57, de 1991, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social, que contiene el Reglamento del D.L. N°3.500, de 1980, es el pilar normativo para la continuidad de ingresos. Este sistema está diseñado para que no exista ningún día sin cobertura financiera para el trabajador. Por ejemplo, para que la pensión comience a pagarse un día 10, la licencia médica debe estar necesariamente vigente y pagada hasta el día 9.

En efecto, el artículo 31 del D.S. N°57 establece, como regla general, que las pensiones de invalidez se devengan a contar de la fecha de declaración de la invalidez, y que esta corresponderá a la fecha de presentación de la respectiva solicitud de pensión. No obstante, la norma establece una excepción para el trabajador acogido al subsidio por incapacidad laboral, caso en el cual las pensiones de invalidez se devengarán desde el día siguiente al de término de la última licencia médica vigente a la fecha en que quede ejecutoriado el respectivo dictamen.

Por lo anterior, mientras dure el primer trámite de calificación de invalidez y hasta que se emita el dictamen definitivo y este se encuentre legalmente ejecutoriado, se deben continuar autorizando las licencias médicas del trabajador y pagando el subsidio correspondiente cuando cumple con los requisitos legales habilitantes. Lo anterior, conforme a lo dispuesto en la Circular N°2C/134, de 24 de Junio de 1985, del Ministerio de Salud.

Rol de la COMPIN y Subcomisión en la Calificación de Invalidez

Sin perjuicio de lo anterior, la COMPIN o la Subcomisión debe previamente obtener del propio trabajador o, en su caso, de la Superintendencia de Pensiones, el estado administrativo actualizado en el que se encuentra el trámite de invalidez del trabajador, así como si este fue objeto de recursos o se encuentra ejecutoriado.

En las situaciones en que un trabajador afiliado al Sistema del D.L. N°3.500, de 1980, ha efectuado la solicitud de declaración de invalidez ante las Comisiones Médicas respectivas y estas le han fijado un grado de incapacidad que no le da derecho a pensión de invalidez, la entidad previsional de salud, para resolver respecto de la procedencia de las licencias médicas emitidas con posterioridad a la resolución ejecutoriada, deberá seguir el procedimiento general establecido en el Título I y II, del Libro II del compendio normativo.

Se ha solicitado pronunciamiento a la Superintendencia de Seguridad Social por una Administradora de Fondos de Pensiones (AFP), a fin de que instruya a una Comisión de Medicina Preventiva en Invalidez (COMPIN) para que informe el diagnóstico y periodo invocado en la licencia médica, vigente a la fecha de la ejecutoria del dictamen que declaró la invalidez del afiliado. Al respecto, la autoridad señala que el artículo 31 del D.S. N°57 de 1991 del Ministerio del Trabajo establece la regla general y la excepción antes mencionada, instruyendo a la COMPIN para que cumpla lo solicitado, remitiendo directamente a la AFP los antecedentes requeridos.

El Proceso de Apelación y Reclamo por Rechazo de Licencia

¿Dónde acudir si me rechazan la Licencia Médica?

Si un subsidio por incapacidad laboral es rechazado, el afiliado afectado puede ejercer las acciones judiciales pertinentes, como el recurso de protección. Para fundar dicha acción, es crucial articular los argumentos de fondo:

1. La vulneración del derecho de propiedad (Art. 19 N°24 de la Constitución).
2. La correcta aplicación del D.S. N° 57, de 1991, del Ministerio del Trabajo.

En cuanto a las consideraciones de temporalidad y hecho, es fundamental que el afiliado acredite fehacientemente que el rechazo de la licencia ocurrió mientras se encontraba pendiente y sin resolución de fondo su primera solicitud de invalidez.

Apelación ante la SUSESO

Si usted pertenece a Fonasa y le rechazan la licencia médica:

1. Puede presentar un Recurso de Reposición ante la misma COMPIN, o en el sitio www.milicenciamedica.cl.
2. Si la COMPIN mantiene el rechazo de la licencia médica, puede apelar a la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO).

Proceso de Apelación en SUSESO Online

Para apelar a la SUSESO en línea:

1. Ingresa al sitio web de la Superintendencia de Seguridad Social (SUSESO) con tu ClaveÚnica.
2. Sigue los pasos indicados, revisa el resumen de tu apelación y acepta las condiciones de ingreso.
3. Si deseas recibir la notificación por correo electrónico, selecciónalo y presiona en “Siguiente”.
4. El sistema te indicará el folio o número de ingreso, el que debes guardar para hacer seguimiento a tu caso.
5. En un plazo aproximado de 30 días, puedes consultar el estado del trámite.
6. Si el dictamen es favorable, la SUSESO notificará al organismo administrador del beneficio, con el cual debes ponerte en contacto.

Tramitación de la Solicitud de Pensión de Invalidez

El proceso para solicitar la declaración de invalidez es complejo e involucra a las Administradoras de Fondos de Pensiones (AFP) y a las Comisiones Médicas.

Rol de la Administradora de Fondos de Pensiones (AFP)

Para la suscripción de una solicitud de pensión de invalidez, las Administradoras deberán poner a disposición de los afiliados las facilidades para que esta se efectúe a través del sitio web o bien a través de los demás canales remotos que disponga la Administradora. Todas las interacciones no presenciales deberán contar con mecanismos de autentificación seguros.

Las Administradoras tienen responsabilidades clave en el inicio y seguimiento del trámite:

• Deben verificar que el solicitante de pensión de invalidez no se encuentre pensionado en el Sistema de Capitalización Individual y sea menor de 65 años de edad. Si el afiliado se encuentra por cumplir los 65 años de edad, dentro de los próximos 6 meses, la Administradora deberá informarle que tiene derecho a suscribir la solicitud de pensión de invalidez, conjuntamente con la solicitud de reevaluación, la cual solo tendrá efectos en la eventualidad que el primer dictamen declare una pensión de invalidez parcial, y en tal caso, adquirirá el derecho a pensión de invalidez parcial definitiva.
• Deben requerir a la Comisión Médica Regional la calificación de invalidez del afiliado, de acuerdo a los procedimientos señalados.
• En forma previa a tramitar una solicitud de calificación de invalidez, la Administradora deberá verificar si el afiliado tiene la calidad de beneficiario de una PBSI (Pensión Básica Solidaria de Invalidez).
• Si el afiliado adjunta documentación, exámenes e informes médicos, con el objeto de respaldar su solicitud de pensión de invalidez, la Administradora deberá dejar constancia de este hecho en el formulario "Listado de Antecedentes Médicos", ordenando cronológicamente toda la documentación recibida. El formulario suscrito por el afiliado y una persona responsable de la AFP, será enviado a la Comisión Médica Regional que corresponda, junto con la solicitud de pensión, y una copia de dicho formulario deberá ser entregada al afiliado.
• Deben determinar si el afiliado se encuentra o no cubierto por el Seguro de Invalidez y Sobrevivencia, e informar dicha condición a la respectiva Comisión Médica Regional, y dentro de los 30 días corridos siguientes a la recepción de la solicitud de pensión remitir un informe definitivo de cobertura.
• Informar, en el caso de afiliados cubiertos, a la(s) Compañía(s) de Seguros que estuviere(n) cubriendo el siniestro respecto de la solicitud de pensión de invalidez recibida.

Cobertura del Seguro de Invalidez y Sobrevivencia

La cobertura del seguro de invalidez y sobrevivencia aplica bajo diferentes condiciones:

• Trabajador dependiente: Que se encontraba cotizando en el mes de ocurrencia del siniestro. Para tal efecto, se entenderá "que se encontraba cotizando", si el siniestro se produce en el mes en que el afiliado se encontraba prestando servicios o tenía un contrato de trabajo vigente, o se encontraba con subsidio por incapacidad laboral. La cobertura regirá para todo el mes calendario en el que el trabajador prestó servicios.
• Afiliado trabajador independiente: Que se refiere el inciso primero del artículo 89 del D.L. N° 3.500, de 1980, que hubiese efectuado sus cotizaciones obligatorias en el respectivo proceso de declaración de impuesto a la renta, tendrá una cobertura anual.
• Trabajador dependiente cesante o con servicios suspendidos: Por un período no mayor a doce meses. Deberá registrar, a lo menos, seis meses de cotizaciones en el año anterior, contados desde el último día del mes en que dejó de prestar servicios, las cuales podrán ser en la calidad de trabajador dependiente y corresponder a gratificaciones o remuneraciones, o en la calidad de independiente.
• Afiliado voluntario o trabajador independiente: A que se refieren los incisos tercero y cuarto del artículo 90, el inciso cuarto del artículo 92, y el artículo 92 L del D.L. N° 3.500, de 1980.

Rol de las Comisiones Médicas Regionales

El afiliado deberá informar en el formulario de "Solicitud de Pensión de Invalidez'' su correo electrónico para ser notificado, citado o informado por la respectiva Comisión Médica Regional. La Administradora deberá implementar un procedimiento que le permita validar el correcto ingreso del correo electrónico en la solicitud de pensión de invalidez.

La Comisión Médica tiene diversas funciones y responsabilidades:

• Si el afiliado se encuentra cubierto por el seguro de invalidez y sobrevivencia de acuerdo a las letras a) y b) del artículo 54 y si los antecedentes médicos entregados por él fundamentan la solicitud, la Comisión Médica le designará, sin costo, un médico para que lo asesore durante el proceso de evaluación y calificación de invalidez y asista como observador a las sesiones donde se analice su solicitud.
• En caso de que no se considere debidamente fundamentada su solicitud, no tendrá derecho a contar con un Médico Asesor que lo guíe gratuitamente en el proceso de evaluación y calificación de la invalidez.
• El médico asesor tiene entre sus funciones asesorar al afiliado en el proceso de calificación. La entrevista entre el afiliado y su médico asesor, para efectos del artículo 11 del D.L. N° 3.500, de 1980, podrá ocurrir en cualquiera de las etapas del proceso de calificación de invalidez, previo a la sesión de la respectiva Comisión Médica Regional.
• La Comisión Médica requerirá los exámenes que estime necesario para evaluar su grado de invalidez, los cuales tendrán un financiamiento compartido por él y la Administradora.
• Los reclamos en contra de los dictámenes que emitan las Comisiones Médicas Regionales se rigen por lo dispuesto en el artículo 11 del D.L. N° 3.500.
• Todas las notificaciones, citaciones o comunicaciones que se deban efectuar en todo el proceso de la tramitación de una solicitud de pensión de invalidez, de conformidad a lo dispuesto en el artículo 11 del D.L. N° 3.500, de 1980.

Aspectos de Temporalidad en el Devengamiento de la Pensión

• Si el afiliado cuenta con una solicitud anterior rechazada administrativamente por falta de antecedentes, la fecha de declaración de la invalidez será a contar de la fecha de presentación de la primera solicitud, siempre y cuando no hayan transcurrido más de seis meses entre la fecha de emisión del dictamen que rechazó la solicitud anterior y la fecha de presentación de la nueva solicitud.
• Si el afiliado se encuentra acogido a licencia médica, la fecha de devengamiento de su pensión será a contar del día siguiente al de término de la licencia médica que se encuentre vigente a la fecha en que quede ejecutoriado el dictamen que aprueba la invalidez, siempre que esta haya sido extendida por la o las mismas patologías que dieron origen a la invalidez.
• Existe incompatibilidad entre las pensiones de invalidez de la Ley N° 16.744 (relativa a accidentes del trabajo y enfermedades profesionales) y las pensiones de invalidez de acuerdo al D.L. N° 3.500.

Consideraciones Adicionales sobre Licencias Médicas y Subsidios

Regularización de Información y Casos Especiales

• Si un trabajador ya tiene RUT definitivo y la licencia fue emitida con RUT provisorio, debe regularizar su situación en FONASA, llevando su cédula de identidad y las cotizaciones del empleador, para que en la sucursal soliciten o hagan el traspaso de cotizaciones.
• FONASA no puede solucionar cuando el prestador no puede emitir una licencia médica porque el sistema electrónico no reconoce la huella dactilar, ya que la normativa no lo permite. En este caso, el prestador debiera emitir una licencia médica en papel.

Reembolso de Subsidio por Incapacidad Laboral (ISL)

El trámite de reembolso de subsidio puede realizarse durante todo el año en sucursales del Instituto de Seguridad Laboral (para licencias emitidas en papel) o bien a través de la plataforma de los operadores de emisión de Licencia Médica Electrónica (para licencias emitidas en forma electrónica).

Una vez que el Instituto ha recepcionado la licencia médica, deberá emitir el pronunciamiento de esta. Es importante verificar que la licencia médica emitida no tenga correcciones o enmendaduras. El Instituto paga el subsidio por incapacidad laboral de acuerdo con la opción de pago informada en la solicitud.

Documentación Requerida para Reembolso (ISL):

• Denuncia Individual de Accidente del Trabajo (DIAT) o Denuncia de Enfermedad Profesional (DIEP) en original o copia fiel.
• Certificado original de afiliación a AFP y certificado de últimas 6 cotizaciones enteradas.
• Solicitud de reembolso de subsidio por incapacidad laboral.
• Certificado de cálculo de subsidio emitido por el empleador para acreditar las remuneraciones correspondientes a los tres meses anteriores a la fecha de inicio de la licencia médica en original.

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